万历十四年(1586年)，随着清算张居正的运动进入尾声，朝廷上的喧闹渐渐平息，明神宗的勤政和处理政务的干练让所有人都产生了一种英主降临、中兴可期的感觉，只是任谁也想不到这一切却被一声男婴的啼哭给刺破了。
发出这声啼哭的男婴名叫朱常洵，是明神宗的第三个儿子(皇二子早夭)，也是明神宗与唯一心爱的女人郑贵妃所生的第一个儿子，可想而知此时此刻的明神宗心中一定会被喜悦填满，但是，文官集团的心中却被这声啼哭搅扰的充满了忧虑。
为了防止因皇子们争夺皇太子之位而产生的内乱、保证皇太子能尽早接受培养，明代有早立皇太子的传统，明英宗出生仅四个月就被立为皇太子、明孝宗六岁时被立为皇太子、明武宗两岁时被立为皇太子、明神宗五岁时被立为皇太子，而此时明神宗的皇长子朱常洛已经五岁了仍然没有被立为皇太子，文官集团十分忧虑明神宗会通过将郑贵妃进封为皇后的方式改立朱常洵为皇太子。
万历十四二月初三，内阁首辅申时行向明神宗呈上了请求册立朱常洛为皇太子的奏疏，明神宗对此不仅没有任何反应，反而还准备将郑贵妃进封为皇贵妃。皇贵妃距离皇后只有一步之遥，所以，明神宗此举无疑是将文官集团的忧虑给坐实了。
此后，户科给事中姜应麟、吏部员外郎沈璟、刑部主事孙如法等人先后上疏，不仅请求册立朱常洛为皇太子，而且提出应该先进封朱常洛的生母王恭妃、再进封郑贵妃。
姜应麟等人的上疏使得明神宗勃然大怒，结果导致他们被降职发配，其后为了打消朝臣们的忧虑，明神宗做出了“降处非为册封，恶其疑朕立幼废长”的解释。
在明神宗仍然没有册立朱常洛为皇太子的事实面前，明神宗的解释明显有些苍白，所以御史孙维城和杨绍程、给事中胡时麟等人又接连上疏请求册立朱常洛为皇太子，而明神宗则态度强硬的表示拒绝，国本之争的大幕由此拉开。
万历四十二年三月，张差谋刺皇太子朱常洛的梃击案发生，朱常洵和母亲郑皇贵妃成为人们普遍怀疑的对象，明神宗为了保护朱常洵母子被迫令朱常洵就藩洛阳，持续近三十年的国本之争宣告结束。
单从表面上来看，持续近三十年的国本之争令大明朝廷上渐渐平息的喧闹比之前更加严重、使得明神宗长时间处于怠政状态，但在事实上，国本之争带给大明的不利影响远不止此。
促成了魏忠贤的崛起
历史上，东汉是一个宦官乱政问题十分严重的朝代，但是细究东汉宦官登上权力舞台的整个过程则不难发现东汉宦官能拥有足以乱政的实力其实是东汉皇帝刻意扶持的。
汉章帝驾崩后，年仅十岁的汉和帝继位，汉和帝的养母窦氏依靠兄长窦宪掌控朝政，永元四年(92年)，汉和帝先令宦官郑众掌管禁军，然后又借助郑众扳倒了窦宪，开启了东汉宦官专权、乱政的先河。
此后，东汉陷入了皇帝年幼时太后利用外戚专权、皇帝渐渐长大后扶持宦官同外戚争权的恶性循环，直至灭亡。
同东汉一样，明代宦官登上权力舞台也是皇帝刻意扶持的结果，只不过明代的皇帝更聪明一些。
大明建立后，为了防止宦官专权、乱政等问题的出现，朱元璋严禁宦官干政，并且还在皇宫中立下了“宦官不得干政”的铁牌要后继之君遵守，可是从永乐时期的国本之争开始，明代的文官集团开始崛起，至宣德时期，一代英主明宣宗已经明显感受到了文官集团的崛起对皇权形成的威胁，所以，明宣宗将批红和掌印之权交给了宦官王振代管。
如此一来，明代的宦官既能帮助皇帝制衡文官集团，又不会危及皇权，但是土木堡之变的发生使得明代的宦官也同东汉时期的宦官一样被打上了专权、乱政的标签，导致明代的皇帝不到万不得已不会扶持宦官同文官集团争权。
这种情况下，明宪宗扶持汪直、明武宗扶持刘瑾跟汉和帝扶持郑众的缘由其实是一样的，都是在皇权因受到外戚或文官集团的威胁而下降时不得不采取的措施。
万历时期，明神宗虽然没有扶持宦官，但是在持续近三十年的国本之争中，明神宗为了打压文官集团、册立朱常洵为皇太子不得不对文官集团打出了缺官不补的七伤拳。
这一拳打出后，文官集团是受到了打压，但是在文官们在不断向明神宗上疏请求补官都没有得到回应的情况下索性也就“自行其意”，结果导致了皇权的下移。
天启时期，面对皇权下移和东林党在朝廷上一家独大，明熹宗不得不开始扶持魏忠贤打压东林党，所以，魏忠贤的崛起完全可以说是持续近三十年的国本之争造成的。
加剧了吏治的腐败
持续近三十年的国本之争中，明神宗为削弱主张册立朱常洛为皇太子的文官集团的势力采取了缺官不补的措施，根据钱穆先生在《国史大纲》中的统计，仅仅在万历二十九年“两京缺尚书三、侍郎十、科道九十四。天下缺巡抚三、布按监司六十六、知府二十五”，即使是文官们请求简补，明神宗也一概不听。
科道御史和巡抚是明代监察系统的核心，缺官的问题竟然如此严重，可想而知明代的监察系统在国本之争的过程中已经陷入瘫痪。
随着监察系统陷入瘫痪，万历时期吏治腐败的问题必然会大大加剧，由此导致的土地兼并、流民起义等问题必定会将大明拖入万劫不复的深渊。
导致了朝政的极端混乱
持续近三十年的国本之争中，文官集团虽然一致支持册立朱常洛为皇太子，但是他们为了自身的利益又分成了东林党和齐、楚、浙、宣、昆党两派，围绕着国本之争和利益之争，这两派先后搞出了三王并封、福王之国、楚太子狱、韩敬科场案、辛亥京察、丁巳京察、妖书案、梃击案等一系列事件，甚至泰昌、天启时期的红丸案、移宫案都与此有关。
在国本和利益的纠葛中，万历一朝的朝政陷入极端混乱的状态，这种混乱最终被努尔哈赤所利用，导致明军在萨尔浒之战中惨败于努尔哈赤的八旗军。
为藩镇割据在大明重演提供了基础条件
明神宗对文官集团的缺官不补和文官集团内部东林党与齐、楚、浙等党的相互攻讦，导致大量想要入仕报国的士子无法进入仕途或不愿进入仕途，这些人在明代被统称为“山人”。
“山人”虽然与仕途无缘，但他们想要积极参与政治的热忱却未曾消减，所以，“山人”多通过成为内阁辅臣、总督幕宾的方式来参与政治，例如内阁首辅申时行的幕宾黄习远和陆应阳、内阁辅臣李廷机的幕宾有陈九德、潘纬。
能成为内阁辅臣、总督幕宾的“山人”大多赫赫有名、家世显赫，因而他们之间能形成一种内阁辅臣和总督利用山人巩固自己权位、“山人”利用内阁辅臣和总督参与政治的互利共赢的关系，所以，明末的内阁辅臣、各地总督多以“山人”充当自己的幕宾。
但是，成为幕宾毕竟只是“山人”在不能进入仕途的情况下的无奈之举，并且时间一长他们必然会对以幕宾的身份间接参与政治心怀不满，随着不满在心中的不断累积，他们势必会想方设法打破现状。
至于打破现状的方式:当大明朝廷对各地的控制力强时，他们会支持自己入幕的对象获取更高的权位，从而让自己可以在政治上施加更大的影响力;当大明朝廷对各地的控制力减弱时，他们就会支持自己入幕的总督割据自雄。
南明弘光朝廷覆亡后，支持鲁监国、潞监国、隆武朝廷、绍武朝廷、永历朝廷或并立、或争立的主要力量就是成为各地总督幕宾的“山人”，所以，“山人”的出现就为藩镇割据在大明重演提供了基础条件。
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