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少年时期
天文5年3月10日(1536年3月31日)，第12代将军足利义晴的嫡男在东山南禅寺出生，取名菊童丸。并送给外祖父近卫尚通当养子。在此期间，足利义晴与与掌握实权的幕府管领细川晴元长期失和，多次发生军事冲突。天文10年(1541年)义晴战败，逃往近江国坂本，菊童丸也随同逃亡。天文11年(1542年)与父亲一起返回京都，但翌年再次与父亲逃往近江坂本、朽木谷。
天文15年(1546年)12月，足利义晴将将军职位让给了11岁的菊童丸。由于处在逃亡之中，将军的就职仪式在近江坂本的日吉神社(今日吉大社)祠官树下进行，同时进行他的元服礼，以六角定赖为乌帽子亲，取名义藤;足利义晴则以大御所的身份管理政务。
辗转经历
天文17年(1548年)，足利义晴同细川晴元和解，回到了京都。晴元也随即承认了义辉的将军身份。不过命运并未许给义辉安定的生活，翌年(1548年)因为晴元家老三好宗三意图阴谋暗害来援的三好长庆， 长庆一怒之下投奔了细川氏纲，与游佐长教联合出兵进攻三好宗三，晴元率本军及六角军欲救宗三但却被长庆和其弟十河一存击败。
然而细川晴元的家臣三好长庆叛变了晴元，归附了细川氏纲，崛起成为了畿内的一大势力。足利义晴、足利义藤以及细川晴元一起逃离京都，再次来到近江国的坂本，居住于常在寺。1550年5月，足利义晴在常在寺死去。此后迁往坚田，翌年移驾朽木。
天文21年(1552年)正月，足利义藤以任命细川氏纲为管领为条件，同三好长庆达成和解，回到京都。但义藤这个幕府将军有名无实，是三好长庆和其家臣松永久秀的傀儡。翌年(1553年)，在细川晴元的支持下同长庆作战，失败逃往近江国朽木村;此后5年的时间里都在那里度过。1554年2月12日，逃亡中的义藤将自己的名字改为义辉。
永禄元年(1558年)5月，在六角义贤(即六角承祯，定赖之子)的支援下，同细川晴元一起迁往坂本，在这里可以窥见京都。翌月在如意岳布阵同三好长逸等作战。由于受到六角义贤的支援，足利军最早处于优势;但后来三好长庆派弟弟三好义贤反攻，战局逆转。11月，在六角义贤的中介下，足利义辉与三好长庆达成和解，永禄5年回到京都，再开幕政。同年12月28日，迎娶伯父近卫稙家的女儿为正室。三好长庆在幕府中权倾一时，担任御相伴众一职并被推荐为修理大夫，同时将三好氏的家臣安插担任幕府的各个要职。足利义辉试图夺回将军的权力，多次暗杀三好长庆但皆失败。
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