王导在政治上的主要措施，就是收揽一批北方来的士族作骨干，联络南方士族作辅助，自己作为南北士族的首领，在自己的上面，安置一个姓司马的皇帝。这个措施说来很简单，可是做起来却完全不是简单的事情。因为北方来的士族间、北方士族与南方士族间、王氏势力与司马氏势力间都存在着矛盾。不能调剂这些矛盾使之处于相对的平衡状态，便不可能建立东晋朝。王导的事业就在于调剂这些矛盾，造成苟安江左的局面。
王导劝晋元帝选取北方名士百余人做属官。这些名士避乱南来，得到官职，算是有了安身地。其中有不少人怀疑晋元帝能有什么作为，例如桓彝，初到时见晋元帝势力单薄，对人说，我到这里避乱，原想得个安全，不料如此不济，看来难有前途。和王导谈话以后，知道他有些办法，才安心任职。大部分名士更是失望悲观。例如，有一次诸名士在江边一个亭上宴会，周（音蚁yǐ）叹气说，风景一样好，只是黄河边（洛阳名士多在黄河边宴会）换了长江边！名士们都哭起来。王导正色道，大家正应该出力辅助王室、恢复中原，何至于穷困丧气到相对哭泣！名士们听了都停哭认错。事实上王导并无恢复中原的意图，不过他能说这样的话来改变情绪，比起诸名士显得有见识。这批流亡士族在王导率领下逐渐趋于稳定。
西晋灭吴国后，南方士族被排斥，仕进很困难。陆机荐贺循表里说，扬州士人现在还没有人做到郎官，荆州和江南士人做京朝官的一个也没有。南方士族对中原士族的独霸仕途，当然不能满意。王导想在吴国旧境内建立以中原士族为骨干的东晋朝，联络南方士族便成为极其重要的事务。晋元帝初到建康，南方士族都不理他，过了大半年还没有人来求见。王导很担心，和从兄王敦商议，替晋元帝制造威望。一个节日，王导请晋元帝坐肩舆出巡，王敦王导和北方名士都骑马随从，显出晋元帝的尊严。南方士族顾荣等在门隙窥看，大惊，相率到路旁拜见。王导对晋元帝说，顾荣贺循是南方士族的首领，招这两人来任职，其余士人自然都来了。晋元帝使王导亲自去招顾、贺，二人应命来见晋元帝。从此，南方士族归附，成为东晋政权的一个构成部分。
流亡士族的权利以渡江先后为标准。北朝颜之推作《观我生赋》，自注说，中原士族随晋元帝渡江的有百家，因此江东有《百谱》（《百家谱》）。晋孝武帝时，贾弼之广集百家谱记，朝廷派人帮助贾弼之撰定《十八州士族谱》，共一百帙，七百余卷。贾弼之、贾匪之、贾希镜祖孙三代传谱学。贾氏《百家谱》抄本藏在官府中，有专人掌管，并且有专长谱学的人来辨别真伪，防止冒滥（如贾希镜受伧人王泰宝的贿赂，冒入琅琊谱，经王晏揭发，贾希镜几乎被齐明帝杀死）。这一百家人才是享受政治权利的士族，后来渡江的北方士族，被这百家人呼为伧，不得享受同等的权利。东晋政权主要是这一百家的政权，西晋士族的全部腐朽性，也主要由这百家移植到长江流域。
就在晋元帝登位以前，也不曾显出有什么开国的新气象。陈頵给王导信里说，西晋朝所以颠覆的原因，正在于用人不当。重虚名不重实用，看门第不看真才，政事败坏，不可挽救。现在应该改变旧习，分明赏罚，选拔贤能，共谋中兴。王导不听他的劝告。陈頵看到王府官属，贪图安逸，不管职事，写信给晋元帝说，现在官员都继承洛都积弊，看来前车覆了，后车还不知警戒。晋元帝也不听他的劝告。陈頵屡发正论，被名士们逐出王府去做郡太守。陈頵的劝告和被逐，正好说明东晋政权是一个怎样腐朽的政权。
三一八年，晋元帝改称晋王为晋皇帝。登帝位受百官朝贺时，晋元帝三四次请王导同坐御床受贺，王导辞让不敢当。原来晋元帝除了因为姓司马有权被推为皇帝，其他实力是没有的。他在政治上完全依靠王导，军事上完全依靠王敦，重要官职多被王家人占有，他想选用自己亲信人也不能无顾忌。当时人们说“王与马，共天下”，实际是司马氏势力远不敌王氏势力。作为一个开国的皇帝，要请一个大臣同坐受贺，可以想见司马氏的微弱。此后东晋政权的存在，不是因为它本身有力量，而是因为几个大姓间常常保持势力的平衡，共同推戴司马氏作皇帝来维持这种平衡。
晋元帝只想做个偏安皇帝，王导也只想建立一个王氏当权的小朝廷，他们的目光专注在江东内部的权利分配上，从来不作北伐的准备，而且还反对有人主张北伐。晋元帝将要称帝，周嵩上书劝他整军讲武，收复失地，那时候称皇帝不算迟。周嵩说忠直话，几乎被杀死。熊远要求朝廷改正过失，说不能遣军北伐是一失，朝官们忘记国耻，以游戏酒食为正务是二失。熊远说忠直话，掉了京官出去做地方官。谁主张北伐，谁就被排斥，至于实行北伐的祖逖，当然要遭到冷酷的对待。祖逖是当时最识大体最有才能的杰出人物。中原大乱，祖逖率亲友数百家来投晋元帝，要求率兵北伐。三一三年，晋元帝给他豫州刺史名义，又给一千人的食粮和三千匹布，叫他自己去募兵、造兵器。祖逖率部曲百余家渡江北上，在淮阴铸造兵器，募兵得二千余人。祖逖军纪律严明，得广大民众的爱护，屡次击败石勒军，收复黄河以南全部土地。晋元帝给祖逖镇西将军的称号。三二一年，祖逖准备渡黄河击石勒，收复河北。晋元帝却派仅有虚名的戴渊做征西将军，都督司、兖、豫、并、雍、冀六州诸军事、司州刺史。真正出征的祖逖官职是镇守；根本不出征的戴渊官职是出征，而且祖逖已收复的和未收复的州，都归戴渊统辖，这显然是不信任祖逖的表示。当时王敦和晋元帝对抗，东晋内乱势必爆发，祖逖感到前途无望，忧愤成病，就在这一年死去了。晋元帝深怕臣下在北伐中立功，建立起崇高的威望，对自己的帝位不利，却不想想专和臣下在内部计较权利，自己原来就很有限的一些威望将愈益缩小，对帝位的保持更加不利。格言说得好，“人无远虑，必有近忧”，晋元帝正是这样的一个庸人。
东晋统治集团内部最主要的矛盾是帝室和几个强大士族之间的矛盾。帝室如果安分享受尊荣，不干涉强大族的权利，那末，各种势力相对平衡，政治上呈现正常的局面。反之，帝室企图增强自己的权力，因而引起强大族的不满，野心家便乘机而起，要篡夺司马氏的帝位。归根还是那些强大族保护帝室，推翻野心家，使势力又趋于平衡。晋元帝信任刘隗、刁协，并且用南方士族戴渊作将军，这是和王氏势力不相容的。王导认为佞臣扰乱朝纲，同意王敦来杀逐这些人。这些人被杀逐以后，帝室势力退缩回去，王敦还想篡夺，王导便宣称“宁为忠臣而死，不为无赖而生”，表示坚决的反对态度来维持帝室。
东晋朝在三九九年农民起义以前，重大政治事件的演变，本质上无非是这个主要矛盾在反复表现。
东晋统治集团和广大民众间的矛盾，当然是严重的。东晋政治是西晋政治的继续。首先是用人，“举贤不出世族，用法不及权贵”，和西晋完全相同。大族人可以做大官，做大官可以横行不法，人民的痛苦，从这两句话里也就可见一般了。王导作扬州刺史，派属官到本州各郡考察政治。考察官回来向王导报告郡太守得失，只有顾和不说话。王导问他听到些什么事。顾和说，你是国家的首辅，应该让吞舟大鱼也能漏出网去，何必计较地方官的好坏。王导连声称赞他说得对，其他考察官都追悔自己不该说话。这说明有势力的人做了任何不法事，王导连听也是不愿意听的。扬州设立侨郡县，收容北方逃来的民众。他们不愿意屈服在非汉族的统治之下，背离乡土，流亡到南方，可是他们的遭遇是什么呢？三二一年，晋元帝下诏：中原良民遭难在扬州诸郡当奴隶或佃客的人，免除他们的身分，奴隶改充兵士，佃客改充运输兵。戴渊作征西将军，部下有奴隶改充的兵一万人。可以当兵的奴隶多至一万，当然还有老弱不能当兵和被主人隐藏的人，人数可能比当兵的人更多些，当佃客的人数也不会比奴隶少。这个数以万计的奴和客，都是有血气的中原民众，因为他们有血气，流亡到南方，却被士族强迫作奴客。这自然也是王导连听也不愿听的一件小事，但东晋人民所受压迫的严重，从这件小事里可以推知了。东晋民众对统治集团是不可能有好意的，不过它终究是汉族政权，民众希望它抵御北方非汉族统治者的来侵，更希望它能北伐。因此，后来想打破大族间势力的平衡，从而夺取东晋帝位的人，总是借北伐来提高自己的威望。
东晋朝的持续——晋元帝晋明帝在位共九年（三一七年——三二五年），在上述情况下，东晋朝算是确立起来了。自晋成帝至晋安帝隆安三年农民起义，共七十四年（三二六年——三九九年），情况同开始的九年区别不大，东晋朝也就象开始的九年那样安而复危，危而复安地持续着。
王导保持安的方法是“镇之以静，群情自安”。就是让有势力的大族在相互牵制下，以民众为牺牲，各自满足他们的要求，朝廷不加干涉也不加抑扬。他晚年常说，人家说我糊涂，将来会有人想念我这糊涂。的确，东晋是靠糊涂来求安静的。晋成帝时，外戚庾亮当权。庾亮想振作帝室，排斥王导，疑忌上游重镇荆州刺史陶侃，任意杀逐大臣，引起各势力间的不安。三二七年，野心家历阳（安徽和县）镇将苏峻、寿春（后改称寿阳，安徽寿县）镇将祖约以杀庾亮为名，率叛军攻入建康。幸得陶侃、温峤起兵救援，三二九年，击破苏峻祖约军。王导又执政，东晋朝又算危而复安。庾氏势力不得专擅朝政，转移到上游，宣称以北伐中原为己任，企图建立起自己的根基。庾亮庾翼兄弟相继镇守武昌，占有了东晋朝重要领土的一半。三四五年，庾翼临死，让他的儿子继任，开藩镇世袭的恶例。东晋朝廷不允许他的要求，是合理的，但用桓温去驱逐庾氏势力，东晋朝又出现篡夺事件。桓温是当时最有才干的野心家。他做了荆州刺史以后，积极对外发展。三四七年，桓温灭成汉国，收复蜀地，威名大振。东晋朝廷疑惧，引用虚名甚大的清谈家殷浩参与朝政，专和桓温作对。桓温伐前秦伐前燕，都遭致失败，损害了他的实力和威望，在王谢两大族抵制下，桓温篡夺的野心未能实现。三七三年，桓温死，东晋朝又算危而复安。
谢安立了大功，内部和睦状态又开始破坏。当时的皇帝是整天酒醉昏迷的晋孝武帝。他重用同母弟会稽王司马道子。司马道子也是一个整天昏醉的酒徒，引用一批奸人作爪牙，合力排斥谢安。三八五年，谢安病死，朝政全归司马道子。司马道子委任儿子司马元显当政。帝室间晋孝武帝和司马道子兄弟争夺权力，司马道子司马元显父子争夺权力，同时帝室与大族间也展开权力的争夺。三九八年，京口（江苏丹徒县）镇将王恭联络藩镇殷仲堪、桓玄、庾楷等起兵反帝室。王恭被杀，藩镇推桓温的儿子江州（治武昌）刺史桓玄为盟主，形成大族推翻帝室的中心力量。
司马道子父子当权，贪污奢侈，政治败坏到无以复加的地步。早在司马道子当权的初期，儒生范宁就说现在边境上没有战事，国家仓库却空匮无物，现在民众服徭役，一年里几乎没有三天的休息，生下儿子不能抚养，鳏夫寡妇不敢嫁娶。好比在着了火的柴草上睡觉，国家危亡就在眼前了。司马道子父子一伙人当权十多年，受尽苦难的东晋民众再也不能忍受这种恶政。
依靠大族支持和民众容忍而存在的东晋朝，在统治集团内部分裂和民众起义反抗的情况下，不得不归于崩溃。
东晋朝的崩溃——桓玄为盟主的诸藩镇，占据建康以西的州郡，朝廷政令只能施行在东方的会稽（治山阴，浙江绍兴县）、临海（治章安，浙江临海县）、永嘉（治永宁，浙江永嘉县）、东阳（治长山，浙江金华县）、新安（治始新，浙江淳安县）、吴（治吴，江苏吴县）、吴兴（治乌程，浙江吴兴县）、义兴（治阳羡，江苏宜兴县）八郡，一切残酷的剥削自然也集中在八郡民众的身上。司马元显为防御王恭等人的进攻，调东方诸郡“免奴为客”人集合建康充当兵役，号称“乐属”。这又引起地主（乐属的主人）和佃客（乐属）的怨恨。五斗米道徒士族孙恩乘民心骚动，三九九年，从海岛率徒党百余人攻破上虞县（浙江上虞县），又攻破会稽郡，部众骤增至数万人。其余七郡同时起事，攻杀晋官吏、响应孙恩，不到十天，孙恩有众数十万人。孙恩的徒党号称“长生人”，是一群奉五斗米道的亡命无赖。孙恩和这群人专事屠杀掳掠，破坏不遗余力。
会稽是王羲之、谢安等北方士族聚居的名郡，吴郡、吴兴（包括义兴）是南方士族的中心居地，这三郡号称三吴，是东晋朝经济文化发达的地区。当然，士族所在地的民众，受士族的压迫是说不尽的，对士族的仇恨自然也是难以抑制的，愚蠢而疯狂的野心家孙恩等人利用民众的积怒，纵徒党杀人，甚至婴儿也不能免死。晋将谢琰刘牢之率兵来攻，孙恩徒党在诸郡烧仓库，毁房屋，塞水井，砍林木，掳掠妇女财物，都逃到会稽郡来。谢琰收复义兴吴兴两郡，刘牢之收复吴郡，进军到浙江边。孙恩起初听说诸郡响应，对徒党们说，天下没事了，我带你们到建康享福去。后来听说刘牢之到了浙江边，对徒众们说，我割据浙江东部，还可以做个越王勾践。等到刘牢之军渡过浙江，孙恩对徒众们说，我是不以逃走为羞耻的。孙恩掳男女二十余万人逃往海岛。此后孙恩连年从海路入寇。四○一年，孙恩率舟师十余万人自海路突袭京口，逼近建康，司马道子惊骇，不知所措，赖刘牢之部将刘裕奋勇进击，大破孙恩军。刘牢之等援军赶到建康，孙恩屡次战败，又逃入海岛。四○二年，孙恩入寇临海郡，被晋兵击败。孙恩穷困投海自杀，徒党和妓（奏音乐的妇女）妾说他成了水仙，跟着投水的多至百余人。被孙恩掳去的二十余万人，三四年间，不是战死溺死，便是被贩卖作奴隶，到孙恩死时只剩下数千人。孙恩连年从海岛入寇，前后数十战，又杀死民众数万人。
孙恩死后，余众推卢循为首领，被刘裕追击，泛海逃走。四○四年，卢循攻陷广州，以后连年入寇，四一○年，率兵十余万逼近建康，被刘裕击败，卢循逃到交州。四一一年，交州刺史杜慧度击杀卢循。孙恩在败逃入海以前，多少还算是率领农民起义，卢循则完全是五斗米道作乱。
正当东晋朝全力攻击孙恩的时候，桓玄乘机吞并上游诸藩镇，占有东晋三分之二的土地。三吴破败，东晋朝失去了依靠，成为仅有空名的朝廷。桓玄认为灭晋称帝的机会到了，与孙恩军逼近建康同时，桓玄在江陵聚众，谋夺取建康。四○二年，司马元显发兵要进攻桓玄，桓玄军却顺流而下，攻入建康，杀司马道子司马元显，政权全归桓玄。四○四年，桓玄废晋安帝，自立为皇帝，国号楚。
孙恩乱后，东方诸郡大饥，一向腐朽的士族中人，这时候披着精制的罗衣，抱着心爱的金玉，关着大门整家整家地饿死。他们连掘些草根充饥的本领也没有，当然不会有人起来和桓玄争夺帝位。但是，桓玄也是腐朽已极的一人，他不可能维持既得的地位。当时存在着一个能够消灭桓族势力的人物——刘裕。桓玄刚登上帝位，刘裕便在京口纠集力量，率众一千七百人攻入建康，桓玄逃回江陵。晋兵杀桓玄，灭桓氏一族。刘裕恢复晋安帝的皇帝名义，自己在政治上武功上积极准备威望。四二〇年，刘裕废晋帝，建立起宋朝。
东晋朝十一帝，首尾凡一百零四年。宋朝四二〇年至四七九年。刘裕出身破落的低级士族。东晋初，刘家避难，从彭城迁居京口。刘裕幼年贫穷，不得读书，以耕地为业，兼做樵夫、渔夫及卖履小贩。他又是个酷爱赌博的无赖，曾因赌输，被京口大族刁逵缚在马桩上索赌债。这种经历使得刘裕懂得劳动民众的疾苦并具有冒险求利的性格。
京口是从北方各地流亡来的士族和民众聚居的地方，号称北府，与历阳同为扬州重镇。居民风俗强悍，敢于从军。谢安辅政，举谢玄为将。谢玄在京口募兵，得勇士刘牢之等人。刘牢之常领精锐当前锋，战无不胜，号称北府兵。淝水大战，苻坚军崩溃，晋军前锋五千人，就是刘牢之统率的北府兵。三九九年，刘牢之击孙恩，刘裕在刘牢之部下当小军官，勇悍善战，屡立大功。刘牢之部下诸将，抢掠财物，比盗贼更凶，独刘裕约束部属，纪律严明，大得民心。从此，刘裕成为北府兵的著名将领，击灭孙恩卢循，主要是刘裕的功绩。
四〇四年，桓玄篡晋，刘裕在京口约集失意士人密谋攻桓玄，被众推为盟主。刘裕击败桓玄，掌握东晋朝政权。后来积累战功，打下帝业基础，和晋元帝依靠大族推戴的情形完全不同。刘裕所创的宋朝，皇帝独掌大权，主要辅佐，多选用寒门，原来的高门大族，只能做名大权小的官员，难得皇帝的信任。削弱士族的政治势力，实行皇帝专制的中央集权，宋朝国内的统一程度远非强藩割据的东晋朝所能比拟，政权大大增强了。当时鲜卑拓跋部统一黄河流域，出现强大的魏国，如果没有统一的汉族政权，鲜卑人几次大举南侵，很有可能并吞长江流域，摧残发展中的经济和文化。所以，刘裕消灭纪纲不立、豪强横行的东晋朝，建立起比较有力的宋朝，对汉族历史是一个大的贡献。刘裕灭桓氏后，要取消司马氏皇帝的名号，还必须自己先取得更高的威望。因此，刘裕为灭晋而进行北伐。同时也为消灭国内割据势力而进行统一战争。
四〇九年，刘裕攻南燕。四一○年，破南燕都城广固（山东益都县），灭南燕，收复青州。卢循乘刘裕北伐，率军向建康进攻，刘裕亲率精兵回建康，击败卢循。四一一年，收复广州。四一二年，攻破江陵城，杀割据者刘毅。四一三年，刘裕遣将军朱龄石收复成都，杀割据者谯纵。四一五年，刘裕遣将军王镇恶攻克襄阳，驱逐割据者司马休之。东晋境内在刘裕势力下全部统一了。四一六年，刘裕率将军王镇恶、檀道济、沈田子等分五路，水陆并进，攻后秦国，沿途收复滑台（河南滑县）、许昌、洛阳等重镇。四一七年，刘裕军攻破长安，灭后秦国。刘裕出关回彭城，留守军内乱，四一八年，关中被赫连勃勃夺去。这次北伐，胜利是巨大的，关中虽失去，自潼关东至青州，却成为宋朝的疆土。后来宋魏间战争，多在这些土地上进行，使长江流域得到较为长期的安静。东晋初，设立侨郡县，凭空增添官职，用以安置流亡士族。四一三年，刘裕实行土断法，令北方流亡来的士民，就所居地作为土著，与南方土著同等待遇。许多侨郡县从此省去，有利于行政统一和节省开支。
东晋朝重要地区用大族作镇将，因而形成割据的局面。刘裕改用皇子作镇将，特别是荆州江州两镇，所统兵甲占全国兵甲的半数，更非选皇子不可，从此建康朝廷不再受大族重镇的威胁。
刘裕完成了上述军事上政治上的措施，东晋朝显然再没有存在的余地了。四二〇年，刘裕很自然地建立起宋朝。
