南朝各国皇族主要是汉族或次级世族,因为在东晋末期之后,军职大多由汉族或次级世族等担任。由于执政者的努力,出现元嘉之治与永明之治等治世,使得国力富盛。皇帝受获声誉深重的主流世族拥护,然而世族只想保有本身政治地位,并非全然支持皇室,皇帝也扶持寒门担任军职或次要官职以平衡政治势力。由于皇室内部也因为争夺皇位的斗争,时常发生宗室血腥事件。由于战略运用错误与北朝的兴起,使得南弱北强,疆域渐渐南移。到南朝梁时为梁武帝改善,和北魏六镇之乱,使南朝国力逐渐追上北朝。但在他晚年时,过度崇信佛教,国家离心力渐强,导致了很多原南朝权贵军阀跟随归顺南梁的侯景发动侯景之乱,使南朝实力大减并四分五裂。独霸政局的侨姓世族也完全崩溃,由南方土著豪族取代。最后到南朝陈的陈文帝方完全统一南朝,但南朝陈国力已衰,只能依长江抵御北朝。
北朝承继五胡十六国,为胡汉融合的新兴朝代。北魏深受五胡文化影响,皇室多为鲜卑族。朝中的汉族官员,多与胡人通婚,带有胡人血统。而鲜卑皇室也逐渐受到汉文化的薰陶,其中以北魏孝文帝的汉化运动最盛。由于北方的柔然牵制北魏,使得北魏难以用全力攻入南朝,直到较亲北朝的突厥取代柔然后才较安定。北魏后期政治逐渐败坏,六镇民变后国力大衰。最后分裂成东魏及西魏,并分别由北齐及北周取代。北齐的核心主要为六镇流民及关东世族,其军力比较强盛。由于其源头六镇流民偏向鲜卑化,使得北齐主要提倡鲜卑文化。北周在立国时鲜卑军不如北齐多,政治地位也不如北齐及南朝梁,所以建立关中本位政策,融合鲜卑及汉文化以消除胡汉隔阂。最后北周形成团结的关陇胡汉集团,得以攻灭因政治混乱而衰退的北齐,而汉族也逐渐成为北周军队的主力之一。周武帝去世后,汉人杨坚依靠外戚身份掌握朝廷,并在篡夺北周建立隋朝之后,发兵南征灭南朝陈,统一了中国。
南朝政区承袭东晋,实行州郡县三级制。而侨州郡县及双头州郡也因为土断而变成一般州郡。自东汉末期实施的州郡县三级制,到隋平南朝陈后改为州县二级制而结束。南朝的州设刺史,郡设太守,只有丹阳郡因为是首都所在地而设尹。县设令、长。自宋以后,令多於长。与郡同级的有王国和公国,设内史和相。还有特为习称蛮民及僚族、俚族等少数民族设置左郡、左县和僚郡、俚郡。例如有南陈左郡、东宕渠僚郡等。当时州郡县有等级之分,大致上以距离首都远近为品级高低之分,诸州佐吏则按州的等级设置官员。扬、荆二州还有「二陕」之称呼。
南朝疆域方面,南朝宋继承东晋疆域,基本上为二十二州上下。河南地于太初四年(422年)之后逐渐被北魏并吞,改以淮水为界。南朝齐基本上同南朝宋为为二十二州上下,可是相继失去雍州沔北及淮南豫州之地。南朝梁时州郡设置和疆域变化很大,因北伐获得淮北之地,一度达河南地。又开拓闽、越、平俚洞,破牂柯。到539年共有大小不一的一百零七个州。侯景之乱后,北齐占领江北淮南之地,西魏占领汉中巴蜀。西魏又受萧詧之托,率军夺下南朝梁江陵以北之地,建立附庸国西梁。南朝陈成立后国土不多,至569年开始陆续收复淮南及部份淮北之地,并且一度夺下北周长江以北之地(573年—577年)。到陈末时受北周入侵使得国土减少,仅剩长江以南至交广地区。
北朝政区承袭西晋与十六国,如同南朝一样为州郡县三级制。然而州辖区不大,州刺史可越郡级直接管理县,使得郡级逐渐虚级化,到583年隋朝正式定为州县两级制。北魏也设有侨州郡县和双头州郡(如南雍州),并将州郡县按人口数分等级。为了防范新附或异姓叛变,于406年将各级行政长官分立三位,其中州刺史方面须一位为宗室。北魏原设有负责地方军政的行台及管理数州军事的都督。到北齐定为行台制,北周则为总管制,都是负责数个州郡军事与行政的政区单位。北齐因为州辖区越分越细,于是设置行台兼管数州民政及军事。西魏则改称都督为总管,性质同北齐行台。北周时,总管一般兼任驻州刺史,并以所驻之州为名。北魏还特为鲜卑本族或其他民族(汉人除外)设置领民酋长来管理该族,地位只次于州刺史。又延续十六国政区,设有管理州境内其他民族的护军。其地位等同郡守,至457年废除。还有镇戍制,于重要的军事要地设镇。镇由镇将管理,下置戍,由戍主管理。其中又以巩固首都平城的六镇最重要,至孝文帝迁都后势微。六镇民变后,北朝的镇戍专管军事,不再具政区性质。
北朝疆域方面,北魏自代北之地(今山西省北部)崛起,至439年统一华北而结束十六国时期。其屡次入侵南朝宋,占领山东、河南与淮北地。又取南朝齐淮南地及南朝梁汉中、剑阁一带。至此疆域北至漠南草原,西抵西域东部,东达辽西,南达江汉流域。在扩充领土期间,州郡多因时制宜,到487年开始整顿。到北魏孝明帝之后领土减少,州郡滥置。魏分东西后东魏有八十州,西魏有三十三州。北齐建立后,开始整顿政区规划,废除三州、一百五十三郡及五百八十九县。北齐江淮之地后被南朝陈占领。西魏屡次攻占南朝梁巴蜀之地与江汉之地。北周武帝灭北齐,取南朝陈江淮之地,领土大大扩充。到隋高祖开皇八年(588年)11月时南征南朝陈,开皇九年(589年)3月底统一南北。
南朝宋之后设有门下省,至此确定了三省制度。门下省负责献计策和劝谏皇帝,参与机密之事,又成为大权掌握的机构。北魏在北魏孝文帝以后,官制模仿南朝,至唐代仍沿用。北周时按周礼,设置六官,即天官、地官、春官、夏官、秋官、冬官六府,是隋唐之后六部体制的源头。
南北朝军事制度
在南北朝时期,朝代常因为军权流入权臣手中而更替。南朝的军事制度大至延续两晋兵制,然而世兵制衰落,所以以募兵制为主。北朝在军事制度方面,在北魏初期采行兵民合一的部族兵制,统一华北后逐渐成为世兵制。北朝后期出现府兵制,成为隋唐兵制的基础。
南朝兵种以步兵和水军为主,骑兵较少。兵源原本来自世兵制。但是因为战争的消耗、士兵的逃亡和被私家分割,部分兵户变为民户,兵源趋于枯竭,于是改以募兵制为主。南朝军队区分为中军(亦称台军)及外军。中军直属中央,平时驻守京城,有事出征。在南朝宋时,宋武帝刘裕加强皇宫兵力,以图扭转东晋以来外强内弱的局面。然而,由于宗室自相残杀而失败,历朝屡次有篡位之事发生。外军则归各地都督管制。都督多兼刺史,而且常与中央抗衡。
北朝方面,北魏军队在初期以鲜卑骑兵为主力,其补给是由各部自行掠取。在统一华北过程中,汉族逐渐加入军队。当攻城战增加后变为步、骑兵混合。之后步兵成为主力兵种。北魏统一华北后,军队分为中军、镇戍兵和州郡兵。中军在平时守卫京城,有事则成为对外作战的主力。镇戍兵是为保卫边防而设置的。镇相当于州、戍相当于郡。初时仅设于北部边境,后来扩展到南部边境。州郡兵,是维持诸州治安的军队,有时也充作镇戍兵或是随军出征。北魏后期也逐渐形成固定的兵户。
东魏和北齐的军队主要由六镇镇民和洛阳的鲜卑兵所组成,在北齐时又编成「百保鲜卑」。另外,也选汉族勇士来防备边界。西魏和北周受到鲜卑族传统和汉文化的影响,于550年创立府兵制。该制度将迁至关中的六镇军民编成六军,并设立八位柱国大将军。西魏权臣宇文泰为最高统帅,西魏广陵王元欣无实权,其他六个柱国则分领府兵,各督署2大将军。北周时又扩增柱国人数,并将兵权集中在皇帝手中。府兵虽为主力,但仍有守卫京师的中军、地方的镇戍兵及州郡兵等其他军队。而且由于世家豪族势力强大,大都拥有实力不弱的私兵。府兵制的特色为平时为民,战时为兵,达到兵农合一的目标。后为隋唐兵制采用,并影响之后的历代兵制。